Vigie Covid-19 : mieux suivre le rebond de l’épidémie

Après avoir mis à profit l'expérience acquise depuis le mois d’avril, Veolia a créé et développé en France Vigie CoVid-19, un système d'alerte précoce de la présence de traces de coronavirus SARS-CoV-2 dans les eaux usées, reflet indirect de la circulation du virus dans la population. Son ambition : doter les collectivités locales d'un nouvel indicateur de choix, pour mieux anticiper et suivre l'évolution épidémiologique sur leur territoire.
Published in the dossier of décembre 2020

Indicateur d'alerte, cette offre est un outil de plus dans l'arsenal sanitaire des collectivités locales pour anticiper en moyenne de près de 2 semaines les pics d'hospitalisation. Certes, la corrélation stricte entre la concentration de traces du virus en entrée de station d'épuration et l'évolution de l'épidémie dans la population n'est pas établie. Cependant, la littérature scientifique internationale convient communément qu'il est possible de détecter, dans les eaux usées, du matériel génétique du virus jusqu'à plusieurs semaines avant le pic d'affluence dans les hôpitaux. Un bon complément aux outils de mesures épidémiologiques plus ciblés, d'autant plus représentatif qu'il tient compte de l'ensemble de la population (y compris les personnes non testées ou ne présentant pas de symptômes). 

Pour mettre au point son outil, soucieux avant tout de protéger ses salariés sur les installations de traitement des eaux usées, Veolia s'est appuyé sur son laboratoire de Recherche & Innovation (R&I) – en pointe dans l'analyse microbiologique environnementale – et sur des laboratoires partenaires  qualifiés par les équipes R&I sur des critères de fiabilité et robustesse de leurs protocoles d'analyses et sur leurs résultats. L'offre VIGIE COVID-19 combine donc un outil de détection  et un tableau de bord pour interpréter et communiquer les résultats. 

Le Groupe la propose aux collectivités qui souhaitent compléter les données épidémiologiques disponibles à l'échelle départementale. 

À terme, VIGIE COVID-19 pourrait être déployée à l'ensemble de ses clients publics et tertiaires dans le monde, et en intégrant possiblement un traçage plus précis.

Schéma processus de vigie Covid-19

1. Dans les eaux usées

Les individus infectés, symptomatiques ou non, rejettent les virus dans leurs selles. Des traces du SARS-CoV-2 se retrouvent donc dans les eaux usées collectées par les réseaux d'assainissement, qui convergent vers les stations d'épuration.

2. Prélèvements en entrée de STEP

Une fois par semaine, un prélèvement est réalisé en entrée de station d'épuration. Sa durée de 24 heures permet de tenir compte de la variabilité des effluents au cours de la journée. Les prélèvements sont ensuite acheminés vers un laboratoire d'analyse partenaire.

3. Analyse des échantillons en laboratoire

Les échantillons sont analysés suivant deux techniques, RT-qPCR ou ddPCR, très complexes à réaliser à partir d’eaux usées. Elles détectent des fragments spécifiques du génome (ARN) du coronavirus SARS-CoV-2, qu’il soit encore infectieux (actif) ou non.

4. Contextualisation et interprétation des résultats

Deux impératifs à prendre en compte :

  • Le contexte des prélèvements sur le terrain, pour interpréter de manière fiable les résultats du suivi des virus dans les eaux usées.
    La pluie, par exemple, peut « diluer » leur concentration dans les eaux et ainsi fausser les résultats.
  • La charge brute de pollution organique produite par l'agglomération*, afin d'interpréter correctement les résultats de suivi du SARS-CoV-2 dans les eaux usées.

*Chaque individu produit en moyenne 60 g de charge organique par jour (DBO5). Mesurer cette charge permet d'évaluer le nombre de personnes lors du prélèvement. D'une semaine sur l'autre, on saura si la population échantillonnée est comparable. Trouver 10 virus par litre pour 100 personnes et 10 virus par litre pour 150 personnes la semaine suivante n'est pas comparable.

5. Tableau de bord et alerte précoce

Un tableau de bord, accessible en ligne, restitue l'évolution temporelle de la charge virale des eaux usées sur le territoire ainsi que le niveau d'alerte correspondant. Il donne une indication sur l'évolution de l'épidémie dans la population. Plus la population touchée par la Covid-19 augmente, plus on détecte de virus dans les eaux usées.
 

L’offre VIGIE COVID-19 évolue

Veolia est désormais capable de détecter et de quantifier les variants dans les eaux usées. Grâce à son partenariat avec l’IPMC1 et IAGE2, associée au laboratoire Phytocontrol, qui utilise la PCR digitale, Veolia propose à ses clients et partenaires la méthode la plus performante à ce jour.

L’offre VIGIE COVID-19 PLUS permet ainsi de franchir un nouveau cap et de réaliser une cartographie précise et à moindre coût de la circulation des différentes mutations du SARS-CoV-2 dans les territoires. Elle s’inscrit dans les recommandations de la Commission européenne en la matière "EU Sewer Sentinel System for SARS-CoV-2" du 17 mars 2021. Ces données de surveillance permettent ainsi d’éclairer les prises de décision en matière de politique sanitaire et de contribuer à la lutte contre la propagation de la COVID-19. Des pays comme l’Australie, les Pays-Bas ou encore la Nouvelle-Zélande les utilisent déjà à grande échelle et avec succès.

Après la quantification du variant britannique, il est aujourd’hui possible pour Veolia et ses partenaires de détecter et de quantifier les variants brésilien et sud-africain dans les eaux usées. Leurs recherches continuent en parallèle pour se préparer à l’apparition éventuelle de nouvelles mutations à risque du SARS-CoV-2.

1. Unité mixte de recherche entre le Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) et Université Côte d’Azur (UCA)
2. Société montpelliéraine spécialiste de l’analyse biologique environnementale